یکی از مهم‌ترین ویژگی‌های برنامه کاربردی زوترو، توجه خاص سازندگان این برنامه به نیازهای کاربران برای انجام پژوهش‌های علمی است. ویژگی مهم دیگر زوترو در آن است که به سفارش مراکز پژوهشی رشته‌های علوم انسانی و برای استفاده خاص پژوهشگران و نویسندگان این رشته طراحی شده است (سلطانینژاد، معبودی، و یزدانپور، 1389(.
محیط کاربری آسان و امکانات گسترده ای که این نرم افزار به شما می دهد در کنار امکاناتی از قبیل دارا بودن افزونه اتصال به مرورگرهای فایرفاکس و کروم موجب می شود در هر محیطی که هستید تنها با چند کلیک ساده مرجع مورد نظر خود را به نرم افزار اضافه کنید.
ویژگی‌های نرم‌افزار:
- - رایگان است؛
- - می تواند متن کامل مقاله‌ها را هم دریافت کند و متن کامل را جستوجو و نمایه‌سازی کند؛
- - هر مدخل را با کلیدواژه‌هایی مشخص می‌کند و امکان یادداشت‌گذاری برای هر مدخل را می‌دهد؛